Category Archives: 锁匠

  My boss just received another two million dollars funding!    

  boss周末发信过来，为我的回国假期布置了新的任务－4篇综述，限定的deadline是回来后每月一篇。这下有的忙了，趁回去之前一定要把框架整出来，最近又要看不少paper，真想知道boss当年是不是也很喜欢写综述来整理思绪。    

Sydney Brenner, D.Phil. BIOGRAPHY From the time Sydney Brenner traveled to Cambridge, England in 1953 to visit James Watson and Francis Crick to see their new model of DNA, Brenner wanted to know how that molecule was transformed into an … Continue reading →

最近一篇Neuron的工作，介绍了chromatin  remodeling对neural development的调控。在neural stem cell poliferation 阶段，chromatin remodeling complex 由各个subunit组成，对chromasome进行调控，打开或者关闭特定的gene transcription；而到了differentiation阶段，其中的某几个subunit会被替换成为同一个family的其他subunit，这时候新的chromatin remodeling complex所调控的gene则不同于poliferation阶段所被调控的gene，相应得促进cell differentiation和specificity。   chromatin remodeling complex自身不能够特异地调控某些gene的transcription，那么subunit的更换为什么能够决定cell是否应该poliferation或者differentiation呢？应该有其他protein能够binding到某些gene的特异的promoter序列上，然后recruit这些subuint被更换过的chromatin remodeling complex,从而特异得调控gene transcription。那么，poliferation和differentiation阶段得gene表达图谱有着怎样的差异？那些区别表达的gene又如何都能够recruit更换了subunit的chromatin remodeling complex呢？是不是他们的promoter sequence能够share一些共同点，能够binding同样的protein machinery，而这个protein machinery恰恰可以recruitchromatin remodeling complex?或者是否有可能，这个chromatin remodeling complex,并不被所有stage specific的gene所必须，只要少数特异的gene能够通过某些proteinrecruit这个complex，然后所expressed的protein则可以激活下游gene的表达，从而amplify这个stage的gene表达图谱？我个人更加倾向于这种可能。     除了chromatin remodeling complex,还有其他得epigenetic regulation方式，比如histone modification，DNA methylation,small RNA regulation等等，这些机制如何作用于development，从而调控整个nervous … Continue reading →

Nature Neuroscience – 10, 393 (2007) doi:10.1038/nn0407-393 Shaky arguments against stem cells   Recent attempts to use scientific findings to discredit embryonic stem cell research are distorting the state of the field.   Last year’s midterm elections shifted the balance in the US … Continue reading →

(1)If the protocol works, don’t change it (If it ain’t broke, don’t fix it). (2)If the protocol doesn’t work, change it. (3)If a protocol requires a laborious step, there is usually a reason for it – don’t try to avoid it (You are not as smart as you think). (4)Two hours of work today will save you two days of work tomorrow. (5)Every new experiment needs a positive control and a negative control (Corollary of(4),above). (6)There are three types of experiments: One which yields interesting results, no matter the outcome (Type I), one which yields an interesting result, but only if it turns out one way (Type II), and one which yields ambiguous, uninterpretable results regardless of the outcome (Type III).Take your pick. (7)Label every tube and record every experiment. (8)Assume nothing. A corollary of this is that opinions don’t matter, only data does. (9)Experiments often don’t work. Consider all the possible reason why an experiment fails and concentrate on the likeliest causes. (10)Complicated, multi-step experiments never succeed unless they are simplified. Break up each experiment into its components, work on one at a time, and verify that each component works before proceeding on to the next(Take one step at a time). (11)Don’t try to recreate the wheel. If someone else has successfully performed the same experiment as you plan to do, talk to her. (12)Plan every experiment as if it will become a figure in a manuscript. (13)If someone asks for your help, be as helpful as you can(What comes around, goes around). (14)It is more important to be accurate than prolific. It’s also helpful to be prolific. (15)If an experiment is not hypothesis-driven, then it can prove nothing. (16)What matters in science is not what can possibly occur, but what actually does occur. (17)Read widely. The most creative insights come from applying knowledge from outside one’s field.

为什么我在清晨醒来，夜幕降临的时候继而沉沉睡去？   为什么我飞越大洋后，需要连续几天痛苦的调整时差？   因为circadian loops的存在，这一生物进化的神奇系统无时无刻不在调节着生物的节律活动，或许还要调控更多的生理功能，比如我正在思考的内容，呵呵    

考完最后一门试，我立刻跑去图书馆借书，在浩如烟海的医学类书籍里面，好不容易才找到这本《Time,Love,Memory》，被poo评为5星的科学传记。在ION的时候经常跑去阅览室睡午觉，没睡觉的时候也翻过这本书，不过连第一章都没看完，现在趁着有时间，重新阅读这本书，记叙开辟molecular biology and behavioral science的大牛，Seymour Benzer传奇科研历程的经典著作。   Benzer和许多同时代的生物学领军人物一样，最初从事的是物理学研究。Benzer在purdue Univ有自己的物理实验室，当时他是物理系的教授。二战期间Benzer和其他物理学家一样，为军方从事秘密研究。奥本海默带领的小组研究核裂变，Benzer所在的实验室研究方向为semiconductor，就是揭开信息时代大幕的半导体研究。Benzer年轻有为，和同事们一起申请了6项专利，战后他的很多同事都计划开公司向商业进军，而Benzer则在同事们大为不解的眼神中投向molecular biology研究。   Benzer做实验的风格，simple and elegant。他最初向Max Delbruck学习噬菌体研究。在那个时代，1953年Watson和Crick揭示了DNA双螺旋结构，但gene是什么？人们还是不清楚。Benzer利用两株不同的rII mutant来侵染bacteria，得到WT的表型，直接证明了gene是可以被split into pieces。这项工作的重要性在于，直接证明了gene不仅存在于DNA double helix中，而且是可以被剪切被重组的，直接影响了之后的三联体密码子工作，Jacob等的operon工作，是DNA重组时代的序幕。Benzer之后利用不同的Phage rII mutant侵染bacteria，第一个完成了Phage rII gene的mapping，这个工作花费了他10年的时间。这个mapping的idea来自于T.H.Morgan实验室的学生Alfred Sturtevant，也是Morgan最得意的弟子的工作。1911年，19岁的Sturtevant完成了最早的gene mapping，他将实验室的6种gene crossing数据带回家， 一晚上的时间完成了这6个gene在fly X chromosome上的排序，直接证明了gene是真实存在于chromosome上的，从1900年Mendel的豌豆试验最早揭示gene存在的可能性，到Sturtevant完成第一张gene mapping，gene是什么的问题成为molecular biology的最大挑战。与此同时，Morgan对gene是否真实存在，是何种物质依然困惑不已，甚至在1934年的noble领奖台上，他再次发出类似的疑问，而这个问题将会困扰物理学家和生物学家们长达几十年之久。   通过10年的phage rII gene mapping，Benzer发表了不少文章，许多人也围绕在他的身边，从事同样的工作，Benzer觉得自己的工作不是那么有兴趣了，这个时候，Max Delbruck写了封信给他，Benzer,不要在这样发文章了，读完你这些paper我会得偏头痛的，你是不是该换个方向了？Benzer也在问自己，是不是该换个方向了？他的兴趣转向了行为学。Benzer的实验风格简洁明了，在选择模式生物的时候他颇费了一番脑筋。蚂蚁，蜜蜂，蜘蛛等等都被他考虑过，最后他在Caltech访问的时候，每天都会路过Sperry的实验室，Sperry是Morgan的嫡系门徒，在brain解剖学上的工作揭示了左右脑半球的区别，这项工作使他赢得了nobel prize。Benzer 在Sperry实验室看到了果蝇，最后决定向Sperry借一瓶果蝇和几个试管，开始了划时代的行为学研究。   这本书才看了四分之一，先写这么多，以后再补充。   … Continue reading →

跟宋红军聊天，谈到他在做postdoc期间，什么时候觉得自己可以去寻找教职，带领独立的实验室运作。他的答案是这样的，当被邀请在杂志上写review，自己可以对整个领域做出评价，同时不会心虚，能够坚持自己对整个领域的看法，这个时候就觉得可以独立运作实验室了；此外，他提到，觉得还可以从Gage和Stevens（postdoc期间的两位advisor）那里继续学到东西，也是他没有提前离开的理由。   So，are u ready?      

  今天看Cajal的《Advice for a young inverstigator》,这一段很有意思。   High-minded independence of judgement is a dominant trait shown by eminent investigators. They are not spellbound or overly impressed by the work of their predecessors and mentors but instead observe carefully and question. … Continue reading →