Monthly Archives: November 2006

跟宋红军聊天，谈到他在做postdoc期间，什么时候觉得自己可以去寻找教职，带领独立的实验室运作。他的答案是这样的，当被邀请在杂志上写review，自己可以对整个领域做出评价，同时不会心虚，能够坚持自己对整个领域的看法，这个时候就觉得可以独立运作实验室了；此外，他提到，觉得还可以从Gage和Stevens（postdoc期间的两位advisor）那里继续学到东西，也是他没有提前离开的理由。   So，are u ready?      

美国时间了，晚了一天，呵呵：）   生日快乐，小家伙！

    Aoccdrnig to a rscheearch at Cmabrigde Uinervtisy, it deosn’t mttaer in waht oredr the ltteers in a  wrod are, the olny iprmoetnt tihng is taht the frist and lsat ltteer be a the rghit pclae. The rset can be a toatl mses and you can sitll raed it wouthit porbelm. Tihs is  bcuseae the huamn mnid deos not raed ervey lteter by istlef, but the wrod as a wlohe.

看到MIT版面上有人讨论K. Mullis，此人特立独行，读生物化学学位，靠一篇解释宇宙大爆炸的nature paper拿到PhD学位，好女色，不喜欢常规工作，发明PCR，但是没有拿到专利，拿了诺贝尔奖，之后默默无闻。而后还对AIDS的致病机制提出新的疑问，挺特别的一个家伙。特转文一篇，讨论K. Mullis与PCR。     －－－－－－－－－－－－我是仓库的分界线－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－     末代沙皇尼古拉二世、1918年的流行性感冒病毒、电影《侏罗纪公园》，以及辛普森杀妻案，这四件事情到底有什么相关？答案是没有。只不过近十几年来生物技术的一项新发明，把它们给连在一块了。这项技术就是“聚合酶链反应”（polymerase chain reaction，PCR）。    PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。因此，无论是化石中的古生物、历史人物的残骸，还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液，只要能分离出一丁点的DNA，就能用PCR加以放大，进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。    PCR的原理及做法其实不难，它利用DNA双链复制的原理，将一条DNA序列不断加以复制，使其数量以几何级数方式增加，就可用来做定性的分析及各式各样的应用。DNA双螺旋结构于1953年发现，自此确立了它就是细胞里携带遗传信息的分子。第一个细胞内用来复制DNA所需的聚合酶（polymerase，即PCR之P），也早在1956年分离成功。几十年来，在试管内复制DNA已是许多实验室的例行工作，但就是没有人想到以PCR方法大量复制DNA，就算想到也不认为可行，直到1983年。    DNA在复制时，其中两条以氢键结合的互补链必须先行分开，才能各自作为复制的模板；而打开双螺旋的最简单方法就是加热。在高温下，双股DNA链会分离成单股，等温度降低后，互补的两条DNA链又可以恢复成双股。虽然DNA分子能耐高温，但进行DNA复制所需的聚合酶是蛋白质，在高温下会失去活性。这也是之前的研究人员不认为这种方法可行的原因之一。再有，要在千万条DNA当中，以一小段已知序列制成的引物，“钓”出所需的片段，进行复制，也跟大海捞针差不多，这是另一个让人却步的理由。    PCR的发明人，一般公认是穆里斯（K. Mullis），他也因此获得了1993年的诺贝尔化学奖。穆里斯在好些写作中，包括1990年在《科学美国人》上的一篇文章，及1998年的自传《心灵裸舞》（Dancing Naked in the Mind Field），都曾提到PCR这个构想的起源。然而，PCR从构想到实现，真的就是穆里斯一人之功吗？PCR究竟是在什么样的环境下诞生的呢？    穆里斯的出身是生物化学家，1972在加州大学伯克利分校取得博士学位，专长有机合成。一早他就表现出桀骜不驯的性格，在那嬉皮的年代，吸食自制的迷幻药不算太稀奇，穆里斯也乐于此道。更让人难以想象的是，他在经历迷幻药之旅的过程中，居然想出了某个解释大爆炸宇宙学的理论，写了出来投稿到《自然》周刊，居然登了出来。他也因此通过了博士资格考，因为有文章发表在《自然》周刊的教授已然不多，学生更是少见。至于他的博士论文，也是用“带点幽默的口语化写成”（穆里斯自己的说法），要不是宽容的指导老师帮他讲话，只怕要重写。    穆里斯另一个毫不掩饰的爱好是女人，这也给他的生涯带来许多转折。博士学位到手后，他随着新婚的第二任妻子来到堪萨斯州，因妻子的关系进了该州的医学院就读，他也在那儿的心脏科找到与其学位并不相称的工作。不久他就感到厌恶，因为实验需要宰杀许多老鼠。1975年，他与妻子仳离，又与后来的第三任妻子回到加州湾区，在第一任妻子所有的一家糕饼店当了近两年的经理。1977年，才又回到旧金山加州大学医学院的药物化学实验室，走的仍然不是学术的正途，也同样在不久以后，对新工作感到厌烦。    1979年，穆里斯进了湾区一家名叫“西特斯”（Cetus）的私人生物技术公司任职。当年，生物技术公司还处于萌芽阶段，很少学术界人士愿意离开象牙塔的庇荫到私人企业工作。就算是到有规模的大药厂，同样也得不到多数同行的认可与祝福，认为是学术生涯的终点。然而西特斯却是一个极为特殊的所在，这家公司集结了一批有能力、有梦想的科学家，在自由开放的风气下，共同朝既定的目标前进。这和一般学院里各大教授及实验室的主持人关起门来各行其是的做法，相当不同。西特斯聘用穆里斯，是想借重他有机化学合成的专长，负责合成寡核苷酸（短链的DNA分子），以供实验所需。    自1970年代起，由于发现选择性切割及接合DNA分子的限制性内切酶，可将DNA分子加以重组，因此引发了基因工程的开展，才出现生物技术这个产业。于是，西特斯公司从1970年代以制造维生素及抗生素为主的公司转型，进入1980年代以基因产品为主的研发。生长激素、胰岛素、凝血因子、干扰素、白介素等，都是西特斯的研发对象。1981年，西特斯正式成为上市公司，筹措到大笔资金。    穆里斯就是在这股氛围下进入西特斯的。其实他做的工作，不算什么研究，只是设法改进寡核苷酸合成的效率而已。穆里斯花了很多时间玩当时刚流行的个人电脑（还不是IBM的），也经常提出古怪的想法，其中大部分都是错的。他争强好斗、不接受批评的个性，也令他到处结怨。他在工作单位与异性的关系，更惹出许多麻烦，甚至要劳动主管出面解决。1981年，他升任寡核苷酸合成部门的主管。为了提高产量及节省时间，他省略了品质管理的步骤，引起使用单位的不满，声称品质不佳的寡核苷酸使得他们的研究出现问题，穆里斯则反击说是使用单位本身的能力不足所致。    PCR的点子，也就是在这样的情况下诞生的。根据穆里斯自己的说法，那是在1983年春天的一个周五晚上，他开车带着女友前往乡间的小屋度周末。在蜿蜒的乡间公路上开着车，一段DNA反复复制的景像，在他的脑海里冒了出来。穆里斯原以为这样简单的想法，应该有人提出过，但搜索文献后却发现没有。在“顿悟”之后的三到五个月间，穆里斯并没有任何行动，原因如今也不清楚。该年8月，穆里斯首次在公司里正式作了有关PCR原理的报告，听者反应冷淡。一来，大家已经习惯了他的胡思乱想；再者，多数人的想法是，这个原理太简单了，如果可行的话，一定早有人做过，否则，里头一定有它不可行之处，但也没有人明确说得出来，为什么不可行。    于是，穆里斯得着手证明这个构想的可行性。从1983年9月起，穆里斯陆续进行了一些实验，换过几个DNA模板，也尝试不同的加热、降温周期，结果都不够肯定，顶多只在电泳凝胶上形成一条若有若无的线条，未能说服旁人PCR发挥了增幅的功效。1984年6月，穆里斯在公司又因男女关系惹出事端，引起众怒，濒临被开除的命运。结果是引荐他进入公司的上司为他说情，只免除了他的主管职务，并予转组，同时限定他在一年内把PCR建立起来。 … Continue reading →

明天就是感恩节，有点类似国内的中秋节，是美国诸多大的节日中为数不多与宗教没有瓜葛的，美国人民在这一天都会聚在家里，吃火鸡，过团圆节。与感恩节相关的一件大事就是，black friday。因为感恩节是周四，所有的地方都放假，大家都回家团圆。商家会在周五上午，有时候是周五整天，更甚者还有凌晨的午夜抢购活动。基本上，很多大的商家都会推出hot deal,比如250刀的notebook，50刀的iPOD,500刀的高清纯平电视之类，但是数量有限，先到先得。于是乎，美国的消费者们很多在前一天晚上就去店前排队，准备领票，凭票认购商品。不是所有的商品都需要凭票认购，只有最最hot的比如18台超低价notebook这种会发票，其他的只要店里还有存货，你就能买，不需要领票。基本上周五早晨开门营业，周四晚上店前就能排起长龙。消费者会带上帐篷，干粮，掌上游戏机之类排队必备物品，在寒冷的感恩节晚上跑到店前排上一夜。这个状况比国内报考TOEFL可是火爆多了，估计跟20多年前还是凭粮票买米买肉，人民群众持粮票在店前买一屉小笼包子的盛况差不多。   与此同时，各大商家网上店铺也有促销，纷纷打折吸引买家。google这个时候也跳将出来，推出google checkout，比如在buy.com购物，满50刀后通过google checkout 付费，google就帮你付其中的20刀，另外也有满30刀google买单10刀的promotion.   所以说，感恩节前夜，消费者的眼睛都是红的，大家都把袖口挽到大臂上，睁圆眼睛，惟恐落下一个hot的deal，在感恩节前夜，我们振臂高呼，让deal来得更猛烈些吧！

  未雨绸缪，转文一篇，哈哈   [总结]生物类退学改行找工作指南  送交者: ddsd 2006年11月16日16:53:36 于 [教育与学术]http://www.bbsland.com     [总结]生物类退学改行找工作指南 经过几个晚上在各大bbs的耐心考古,还有前辈大牛指出的明路,偶炮制出这篇"指南",供郁闷中的华人同行jjmm参考… 如有问题或不足之处,请回文指出,我将在第一时间修改 总之,想找到一份养家糊口的工作是不难的,事在人为,虽然需要付出时间/金钱,但是有投入就有回报.大家坚持不下去的,可以参考以下的选项,没有必要怨天尤人. kano 友情提醒:一般逃离生物类的，除了经济上的原因外还有就是多半也是自己不喜欢了，如果是后者，不考虑经济原因的话，应该好好想想自己到底想做什么，喜欢什么，不要为了钱跳进另外一个自己不喜欢的领域，到头来熬不住了还要换 艾小柯友情提醒: 我觉得其实上学也好，找工作也好，最最重要的是知道自己想要什么，不要都跟着潮流跟着金钱走。做自己喜欢事情所带来的心理满足感是实实在在的，而虚荣心所带来的短暂得意一般都虚得很，何况，虚荣是没有底线的，世上天外有天，人外有人，哪有个头啊。都说良好的开始是成功的一半，其实我觉得认清自己才是迈向成功的第一步。 警告:在阅读以下内容之前,请慎重考虑. 一:不建议退学的情况 1.如果你在top10名校 可以坚持到phd毕业,因为你有很大可能进入consulting firm,那些地方专盯名校phd,而且专业不限 棉花糖球科普consulting firm: 顾名思义，consulting就是给别人出主意的。咨询公司的客户大部分是产业界的其他公司，有的也有政府部门，一般说来小咨询公司都有自己服务的产业、领域，而大公司，比如McKinsey这样的服务行业就十分广泛了。公司针对哪个行业就需要雇佣哪个行业的专家（所以phd学位是绝对不嫌多的）。比如IT咨询业，咨询公司就需要雇佣很多学电脑的硕士博士，客户的系统出了问题，或者客户需要雇佣人做一个短期数据库项目，那么咨询人员就要亲自飞去客户所在地，驻扎一段时间为人家工作。从这个角度上说，咨询业的服务人员与短期合同人员十分相似，不过合同工可以自成一体，自行与客户签约就可以了；而挂靠在某咨询公司，虽然要被剥削，但大公司客户广泛，业务繁多，比自己单干要省心不少。咨询行业一般在外出差时间比较多，大部分都是“空中飞人”，当然经济效益也是很可观的。所以学生物的，一条出路是进入医药/生化类咨询公司，虽然可能比较辛苦，但经济前景是相当诱人的。我再补充一下:入医药/生化类咨询公司一般都会有业界工作经验的门槛,fresh phd直接进入的难度比较大.consulting一行薪水是丰厚的,但是剥削也是深重的,工作时间是超长的,很少有人能坚持三年以上的 2.如果你在名校,有牛老板,自己又有相当于cns的paper 可以选择做faculty,因为做一个成功的faculty,自己phd老板牛与否是非常重要的,即使phd的老板不够牛,post-doc找个牛老板也够用.如果你的老板不牛,不建议选择此项. 3.如果你做的东西涉及到人类疾病,比如癌症,帕金森etc 可以坚持到毕业.然后去公司做post-doc,因为大药厂里涉及到疾病的基础研究比较多,而且往往都有post-doc program.虽然并不是所有公司都会把post-doc转正,但是公司里的post-doc算是indurstry experience,而且公司的环境有助于你建立起业界的network,对你以后的career会有大大的加分,再找工作就要比fresh phd强的多. 如果去学校做post-doc,千万不可以超过一轮,公司往往认为在学校做过3年以上博后的人就没有可能适应公司的环境了. 选择去公司做博后,往往意味着当faculty之路彻底对你封死,除非你去以下几个公司的post-doc program:genentech, amgen, novartis. 这些program出来的post-doc,是业界,学术界通吃的,当然申请的时候竞争也就更激烈. —————————————————————————-—-kano看了一下，有一个职业还没人提到，是我们最近琢磨的：拿到phd却不愿意继续作的，靠教师资格，去中学教书 中学的教师工资是和学历也和经验有关的，phd起薪会比较高，而且随着年头增长工资也长 所以说，选择这条路的，也算个新出口，而且phd还不白读 只是各州的教师资格都不一样，不知道有没有来个现身说法了  二.如果你觉得前途黯淡,一定要退学的话 1.准备拿master走人 公司里面需要的master是很多的,特别是当你有做elisa,纯化蛋白,会养老鼠的经验(欢迎补充!),这对你找一份药厂的工作是很有帮助的.但是master永远只能接受phd的管理,升迁的机会会少的多,对自己的career还有进一步追求的jm,还是建议有个phd比较好,或者再去读个别的管理学位,比如mba 2.准备彻底quit biology,连master都不要了 参考了cajal@大牛的建议,简单总结了一下可能的出路 a.CS master,需要两年 b.生统 master, 需要两年 concord mm补充: 生物统计虽然名字上带生物，其实跟生物没什么太大的关系，主要还是数学和统计，只不过会学学流行病还有其他一些和公共卫生有关的课程，另外做课题时可能会接触clinical trial, microarray, oncology等方向。有的纯统计系可能因为学校里没有医学院，主要做和农业或者工业有关的课题，毕业之后找工作的方向可能就会有所不同。当然纯统计系还可以去信用卡公司，银行什么的。 统计和生物统计的硕士比博士好申请，不过拿奖学金会难一些，有的学校根本就不给硕士奖学金。硕士的课程比较简单，所以中国人学得都会比较轻松。博士的课程就难多了，因为会涉及测度论，还有很多asymptotic theory什么的，所以对数学方面要求比较高。如果想做教授，当然得读博士。如果只是想去公司的话，其实硕士的课程基本上够用了，可是现在的问题是大药厂现在的行情也看涨，不怎么收刚毕业的硕士生了，都要有公司工作经验的。药厂还是欢迎刚毕业的博士生的。从起薪来说，博士比硕士高不少，当然博士要多读好几年，所以单纯从钱上面来说读博士未必合算。博士比硕士以后的晋升机会肯定是多，所以长远看更有潜力。当然很多人是一边工作一边读part-time Ph.D, 这样既攒了工作经验，又拿了学位，公司还出学费，也是一个不错的选择。刚毕业的硕士生如果不好找药厂的工作的话，可以考虑毕业前做实习生，这样有希望留下来，而且也算是有药厂经验了。还有一个选择是去CRO公司，攒两年经验再跳药厂。很多学校也招刚毕业的硕士生，好处是不用担心H1B的名额，工作也算稳定，缺点是工资比较低，另外如果今后的目标如果是去公司的话，学校的经验不怎么算数。 以上二者有可能的话,可以在读生物phd期间把学分修满,然后quit是上上选择,而且入行难度比以下几点小的多 c.CFA 2-3年可以考过所有的考试,但是要找到工作的话,可能需要经验(搜索关键字:cfa) d.accounting 可能需要考gmat, 学2-3年(欢迎补充),考完之后很好找工作 e. MBA: 要想拿到奖首先得有gmat 高分,然后大公司的工作经验也是必须的,这点对没有工作经验的jm们是比较难的 … Continue reading →

周六午后，窗口洒进柔和的阳光，我盖上被子午休。   梦中回到村里的小学，而且还要上课，小学变成了半山腰的一大片平地。老师带着我们在更高一点的位置上体育课，课程内容是投掷练习。忽然发现找不到mm了，然后跑到山下，找到了mm，带她一起去找学校。这时候学校的校舍都不见了，眼前就是空旷的平地，向左是一条大路，有个声音告诉我是通向八达岭高速公路，可以直达北京的；向右是另一条大路，远远望过去似乎山明水秀，应该是一片好去处。似乎我和mm还要和人汇合，mm猜那队人走得是左边的路线，我还非常奇怪，为什么一定是左边呢，要不要打手机问问。mm似乎很有信心，于是我跟着她走左边的大路。很宽阔的马路，走着走着进入了群山怀抱，眼前却又出现一片好大的院落，四处是围墙，有一处大门。这个时候偶怀里掉出一件物事，落在地上清脆作响，偶低头却怎么也找不到，站起身后有掉出同一件物事，清脆的声响，偶这次终于一并发现，原来是纽扣状且带着细链的金属制品，好像是mm的东西。一边纳闷一边和mm走进这处院落，院子很宽敞，好像陕北人家的风格，四下里是稀稀两两的人，摆着小摊，卖的都是带有乡土风情的画，很朴素的帽子，小孩子穿的小衣服，还有风筝。我们身边还有个小孩子拿着自制的哨子吹着玩。这个时候，我猛地醒了。    

这几天都没来得及跑去图书馆睡午觉，晚上回家后早早就犯困，怎么也打不起精神来。究其原因，是因为每天下午都有课或者seminar。其中学生主讲seminar的那门课，第一节课我就早退，结果带课的教授还郑重的发信给我，大意是不能早退，要参加最后的讨论。这周是过来访问的某教授主讲seminar，内容特多，而且还特别能侃，别人问一个问题，她能够回答5分钟。我努力坚持，最后还是托着腮帮子小睡了一会儿，而且睡得特别不尽兴。一哥们在seminar开始前还特意问我，后排有热咖啡，要不要倒一杯？俺摇头，俺不喝咖啡的。说起来，大部分的老美都很能喝咖啡，上午要喝一杯，下午也要喝一杯，而且下午这杯似乎更加重要。俺不由得想，每天喝两杯咖啡，那样的话是不是就能保证工作时间特有状态呢？俺还是泡自己的绿茶好了，估计一旦我开始喝咖啡，去图书馆睡午觉的机率就更小了，而在安静的，四周摆满了专业书的图书馆里，睡午觉是多么舒服的一件事啊！

一早就开始下雨，晚上回来路上雨势还变大了，nnd，这天气太恶劣了！

话说今天忙完实验，走在回家的路上，四周枯叶纷飞，一片萧索。远远的看到一位年轻的女子在跑步，同时还推着一辆婴儿车，我心想，真的是带着婴儿一起在这么肃杀的初冬天气里跑步吗？不过多时，这位年轻的母亲从我身边跑过，同时推着那辆可爱的婴儿车，我定睛一看，果然里面躺着一个婴儿，太佩服了！难怪老美都这么抗冻，感情打小就被妈妈推着在外面跑啊！